A Capcom revelou durante a Comic-Con de Nova York o primeiro conjunto de roupas alternativas para "Marvel vs. Capcom 3". O escolhido foi o Homem-Aranha, que além do traje clássico vermelho e azul, conta com outros três uniformes.
São eles o famoso uniforme negro simbionte alienígena, a roupa Aranha de Ferro, desenhada pelo Homem de Ferro no arco de histórias nos quadrinhos Guerra Civil, e um uniforme verde que é do arco de histórias da Marvel intitulado "Big Time", que sai em novembro nos Estados Unidos.
Segundo informações do site EventHubs, a história do jogo mostra uma parceria dos vilões Doutor Destino e Albert Wesker para montar uma equipe que poderia desturir ambos os mundos da Capcom e da Marvel. Assim sendo, o resultado é uma batalha que vai determinar o destino dos dois mundos.